Perguruan tinggi pertama kali berdiri pada tahun 2007 dengan nama Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Pangeran Diponegoro Nganjuk yang hanya mempunyai satu Program Studi yaitu Pendidikan Agama Islam (PAI). Pada tahun 2010 alih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Pangeran Diponegoro Nganjuk dengan tambahan satu Program Studi Ekonomi Syariah (ES).

Tahun 2014, STAI Pangeran Diponegoro Nganjuk mendapat izin penyelenggaraan 7 (tujuh) Program Studi yaitu 1) Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD), 2) Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI), 3) Prodi Ekonomi Syariah (ES), 4) Prodi Hukum Tata Negara (HTN). 5) Prodi Ilmu Al Qur’an Tafsir (IQT), 6) Prodi Akhlak Tasawuf (AT), 7) Prodi Manajemen Dakwah (MD). Ketujuh Prodi tersebut berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 3536 Tahun 2014 tanggal 1 Juni 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Program Sarjana Peguruan Tinggi Agama Islam Swasta.

Kemudian sebulan berikutnya, STAI Pangeran Diponegoro Nganjuk resmi berubah bentuk menjadi Institut Agama Islam (IAI) Pangeran Diponegoro Nganjuk. Hal itu berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 3776 tanggal 7 Juli 2014 tentang Persetujuan Perubahan Bentuk Sekolah Tinggi Agama Islam Menjadi Institut Agama Islam.

Jadi, mulai tahun 2014 hingga 2020 terdapat 9 Program Studi yang tersebar di 4 Fakultas yaitu:

1. Fakultas Tarbiyah dan Keguruan (FTIK): Prodi Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD), Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI), Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI).
2. Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam (FSEI): Prodi Ekonomi Syariah (ES) dan Prodi Hukum Tata Negara (HTN).
3. Fakultas Ushuludin dan Studi Agama (FUSA): Prodi Ilmu Al Qur’an Tafsir (IQT), Prodi Akhlak Tasawuf (AT).
4. Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam (FDKI): Prodi Komunikasi Penyiaran Islam (KPI), Prodi Manajemen Dakwah (MD).

Alasan pemilihan Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam (FDKI) sebagai salah satu Fakultas di IAI Pangeran Diponegoro Nganjuk yaitu untuk menjawab perkembangan teknologi ke depan. Berdasarkan analisis dan FGD yang dilakukan oleh Tim Khusus IAI Pangeran Diponegoro Nganjuk, bahwa teknologi ke depan akan semakin berkembang yang berpotensi terabaikannya nilai-nilai Islami. Gaya hidup yang serba modern membuat orang haus tentang sajian dakwah. Oleh sebab itu, Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam  hadir untuk mencetak lulusan yang kompeten dalam dunia Komunikasi Penyiaran Islam serta mampu berdakwah di tengah tantangan arus global.